近年来，国内外人工栽培冬虫夏草的研究工作在广泛而深入地进行，但是在完全人工控制的条件下，将虫草菌感染寄主幼虫，使之产生与天然冬虫夏草相同子实体的研究工作，尚未取得突破性进展。准确地说，人工栽培的难度还很大，人工栽培至少要解决四个方面的问题。
一是菌种。菌种多是来自自然界的冬虫夏草，按常规进行分离培养而取得。据研究，虫草菌有性型发生过程中，需要一定的湿度以满足体内复杂的生理变化所要求的水分。且温度与湿度之间存在相关性，在一定的湿度下，温度变化缓慢或较为恒定，则不利于抽出子实体，有性型的发生必须要经过低温和变温处理。福建省三明真菌研究所经过多年的转管培养，也只长出发育不完全的幼小子座。他们认为，虫草菌的世代必须有蝙蝠蛾幼虫的某些活性物质参与才能完成。
二是繁殖蝙蝠蛾技术。四川省中药研究所对蝙蝠蛾人工饲养进行过长期的研究，即使在恒温条件下，也需要230-570天才能完成一个世代，更何况还必须处理好各虫态的具体操作以及饲料和饲养环境。这种苛刻的条件，对一般人来讲，是做不到的。
三是侵染途径。冬虫夏草是虫草菌孢子接触幼虫侵染致死，才能长出子实体。据观察，寄主4-5龄幼虫感染率最高，老熟幼虫很少感染，3龄以下的幼虫不被感染。如何把握时机，对一般人来讲也是很难掌握的。在侵染问题上，人工培育昆虫的条件较好，则虫体过于强壮，抗菌力强，难以感染。条件差，则虫菌侵入后引起死亡.，出现这两种情况都会失败。

细心地消费者会发现，在不同的冬虫夏草产品说明书“主要成分”一栏里，有的注明冬虫夏草，有的则注明为冬虫夏草菌丝体。实际上，冬虫夏草和冬虫夏草菌丝体并非一回事，虽然同称冬虫夏草，却是两种药。虫草菌丝体是冬虫夏草经过人工发酵，培养，加工而成的。研究表明：冬虫夏草菌丝体所含的活性有效成分，如氨基酸类，多糖类，腺苷，核苷，脂肪酸，甘露糖醇和微量元素等大多与天然虫草相近，其药理分析也表明与天然冬虫夏草有相似之处。临床报道，冬虫夏草菌丝体对某些适应症的治疗也获得良好的效果。但准确地讲，通过人工发酵培养得到的冬虫夏草菌丝体是一种全新的药物，而不是真正意义上的天然药物冬虫夏草。